被收购后，蒋凡本打算离开阿里，时任阿里COO的张勇出面挽留了他。2013年，正值阿里提出“All in无线”战略，张勇将蒋凡托付给了时任淘宝总裁的张建锋，开始做手机淘宝，头衔是资深总监。当时，阿里否决了大部分的应用开发计划，却将手淘的地位提升。
2013年之前，手淘只是一个工具，可以搜索、购买和查询物流，连基本的导购、交流互动都没有。2014年，蒋凡接手后，改变了手淘和PC端的差异，将产品无线化，并通过“扫码”战略获取流量以及开放手机淘宝。在随后的两年中，手机淘宝日活用户从3000万飙升超过1亿，淘宝的无线交易占比也从百分之十几增长至80%以上。
2015年，在张勇直接管理的零售电商事业群，蒋凡进入了“班委”，担任淘宝产品平台资深总监。2017年，蒋凡曾负责管理淘宝新选，但很快便被提拔为淘宝总裁。与来自传统品牌和零售企业的时任天猫总裁靖捷不同，蒋凡在张勇的评价中，是“推动了淘宝走向数据驱动，实现千人千面”。在这一时期，蒋凡主导了淘宝内容化战略，解决了引导用户在淘宝平台“逛”的需求。
2019年，阿里新一轮组织架构调整后，蒋凡开始兼任天猫总裁。阿里希望在保持两个品牌独立发展的同时，打通消费场景，实现分层运营。这个职位的难度更高，此前除了张勇，历任天猫总裁的任期都只有一年左右。这对刚刚成为阿里合伙人的蒋凡来说无疑是一个巨大的考验，而他已经定下个目标，未来三年，天猫交易额翻番，也就是要达到四万多亿，每年要保持30%以上的增长。
2019年双11期间，蒋凡接受新京报记者采访时表示，阿里巴巴已经形成了一套比较成熟的体系。“我会在里面做我该做的工作，我会盯着每个事情都会去看，老逍(指张勇)可能更多的是帮我们提前进行一些分析”。
